В ходе войны между большевиками и их противниками Алаш Орда потеряла контроль над большей частью территории Казахстана. Отказ колчаковцев предоставить казахам автономию, с одной стороны, и формальный призыв большевиков к самоопределению народов с другой привел в 1918-19 гг. к кризису Алаш Орды и гибели автономии Алаш.
Кризис Алаш Орды.
Поддержав весной-летом 1918 г. антибольшевистскую коалицию, Алаш Орда начала формировать собственные вооруженные силы, вступившие в борьбу с Красной Армией.
С уральским казачеством было заключено соглашение о содействии в вооружении и обучении алашских полков. Особенно активное участие в гражданской войне приняли формирования Восточной части Алаш Орды, полки которой включались в состав армии Анненкова и других соединений белогвардейцев. Однако политические разногласия привели к отходу части лидеров Алаш Орды от оппозиционной коалиции. Этому способствовало и «великодержавное» отношение белогвардейцев к казахскому населению, особенно со стороны казачества. Население казахских волостей насильно мобилизовывалось на хозяйственные работы, у них реквизировался скот, нередки были случаи грабежа, насилий и убийств, оправдываемых сложностями военного времени.
Разочарованный в своих союзниках лидер Торгайского филиала Алаш Орды А. Байтурсын в марте 1919г. начал переговоры с Москвой о признании Советской власти. Алашские полки, действовавшие в районе Торгая, вошли в состав Красной Армии, а сам А. Байтурсын начал переговоры с руководством Алаш Орды в других регионах Казахстана, убеждая их отказаться от поддержки белогвардейцев. В конце марта 1919 г. в Жымпиты, ставку Западного отделения Алаш Орды был направлен К. Таттибаевдля проведения секретных переговоров с Ж. Досмухаммедулы, в результате которых Алаш Орда заняла позицию нейтралитета, значительно ослабив позиции антибольшевистских сил во время весеннего наступления Колчака. Летом переговоры возобновились, но окончательный переход на сторону Советской власти осуществился только в начале зимы.
Член Казахского революционного комитета Б.Каратай обратился к лидерам Западной группы с письмом о мирных предложениях правительства РСФСР, и совещание руководителей Алаш Орды 10 декабря 1919 г. в Кызыл-Куге приняло постановление о переходе на сторону Советов и начале боевых действий против белогвардейцев. 27 декабря алашские полки под красными знаменами атаковали штаб Илецкого корпуса в районе Кызыл-Куги и пленили более 500 человек, в т.ч. и командира корпуса генерала Акутина. Западное отделение Алаш Орды было реорганизовано в Кызыл-Кугинский ревком, а ее военные формирования были направлены в район эмбинских нефтеразработок для борьбы с отступающими частями генерала Толстова. Заявили о своем признании Советской власти и руководители Восточного отделения во главе с А. Бокейханом.
Несмотря на объявленную в ноябре 1919 г. амнистию всем политическим противникам, признавшим Советскую власть до 20 декабря 1919г., отнбшения новых союзников были непростыми. В начале 1920 г. в Семипалатинске был арестован А.Бокейхан и ряд других активных деятелей Алаш Орды по обвинению в сотрудничестве с белогвардейцами и только вмешательство Казревкома и Семипалатинского ревкома, указавшего, что алашординцы участвовали в подготовке антиколчаковского восстания в конце войны, заставили военные власти освободить их от ареста. Все активные участники антисоветского движения были отстранены от участия в политической жизни, а лидеры Западного отделения Жаханша Досмухамедулы, Халел Досмухамедулы, Иса Кошкинбайулы, Карим Жалелулы и Беркингали Атшыбайулы были высланы за пределы Казахстана. Алаш Орда была ликвидирована, и вся полнота власти на территории Казахстана перешла в руки территориальных революционных комитетов (ревкомов).
Основными причинами кризиса и ликвидации Алаш Орды стали неприятие идеи автономизации ее союзниками по антибольшевистской коалиции с одной стороны, и обещание предоставить казахам широчайшие политические права вплоть до самоопределения со стороны советских властей. В условиях гражданской войны, развала экономики и отсутствия связи между отделениями Алаш Орды ее лидерам не оставалось ничего другого, как перейти на сторону Советов.
Казахский ревком.
Победы Красной Армии и переход под ее контроль территории Казахстана поставили перед руководством Советской России задачу наладить управление в Казахском крае. С этой целью, а также для подготовки Учредительного Съезда Советов Казахстана 10 июля 1919г. декретом СНК РСФСР был образован Киргизский (Казахский) революционный комитет во главе с С. Пестковским. В состав его вошли как активные сторонники большевиков А. Жанкельдин, Б. Каратай, М. Тунганчин, С. Мендешев, так и их недавние противники А. Байтурсын, Б. Караллин и др. В введении Казревкома должны были находиться территории Уральской, Тургайской, Акмолинской и Семипалатинской областей, однако реалии гражданской войны привели к тому, что Акмолинская и Семипалатинская области оказались под фактическим управлением Сибирского ревкома, а Кустанайский уезд Тургайской области — Челябинского районного управления, а с сентября 1919г.
Кустанай был включен в состав Челябинской губернии. Споры о принадлежности этих территорий шли долгое время, что вызывалось сопротивлением руководства Сибревкома и его нежеланием уступать власть на казахских землях Казревкому. Лишь протесты последнего и вмешательство центральных властей, боявшихся оттолкнуть национальные окраины, привели к тому, что в 1920 г. Акмолинская и Семипалатинская области, а также Кустанайский уезд были возвращены Казахстану, однако фактическое воссоединение этих регионов произошло только в 1921 г.. Этот процесс совпал с острыми разногласиями в самом ревкоме по вопросу о формах будущей казахской автономии и включении в ее состав территорий с неказахским населением.
Кроме подготовки к образованию автономии, Казревкому пришлось проделать большую работу по формированию казахских частей Красной Армии и обеспечению ее продовольствием и другим необходимым. Вопросы образования, восстановления хозяйства и судопроизводства также были в ведении ревкома. Таким образом, Революционный комитет по управлению Казахским краем осуществлял высшую военную и гражданскую власть на территории Уральской и Тургайской областей.
Образование КАССР.
В конце 1919-начале 1920 года шла интенсивная подготовка к образованию казахской советской автономии. В начале января 1920 г. в Актюбинске была проведена первая краевая советская конференция с участием депутатов от казахских районов Туркестана и Сибири. В начале августа 1920 г. при Народном Комиссариате по делам национальностей состоялось совещание представителей Казревкома, Сибревкома и ТурЦИКа, на котором окончательно был решен вопрос о передаче Акмолинской и Семипалатинской областей Казахстану и отношении последней к РСФСР. 17 августа проект Декрета об образовании Киргизской (Казахской) Советской Автономной социалистической республики был рассмотрен и одобрен СНК РСФСР, а 26 августа этот декрет был утвержден и вступил в действие.
4-12 октября 1920 г. в Оренбурге прошел Учредительньй Съезд Советов Казахстана, избравший Центральный Исполнительный Комитет во главе с С. Мендешевым и Совет Народных Комиссаров во главе с В.Радус-Зеньковичем. Казахстан стал автономией в составе России и столицей был провозглашен г. Оренбург. В связи с этим Оренбургская губерния в сентябре 1920 г. вошла в состав КАССР. Для более удобного управления партийными организациями Казахстана было создано областное бюро Российской коммунистической партии и Казахское бюро при ЦК РКП.